cygwin前提の話ですが、コマンドラインで絶対パスが必要な場合は cygpath コマンドが便利。

たとえばmakefileでコマンドhoegehogeを使いたいんだけど、hogehogeへのパラメータとして絶対パスを指定しないとエラーとなるような場合。
しかもドライブレターを含むWindowsの絶対パスじゃないとダメだとかいう場合。

なんで？って思うけど、たまにありますよね……

そんなときには

foo.x: foo.y
        hogehoge $< -o $(shell cygpath -aw $@)

てな感じで解決。